La SSU Igiene Allevamenti e Produzioni zootecniche si occupa dei controlli ufficiali nei settori: allevamento di animali (farmaco; benessere; alimentazione); trasporto di animali; produzione latte e prodotti a base di latte; mangimi e sottoprodotti di origine animale, non destinati al consumo umano.
Svolge altresì attività di: sorveglianza/vigilanza sulla produzione, commercializzazione e impiego del farmaco veterinario; ricerca dei residui di farmaci e molecole non consentite, negli animali e in alcuni prodotti di origine animale; vigilanza e controllo sull'impiego di animali nella sperimentazione; igiene urbana veterinaria.