I Dipartimenti sono le strutture complesse fondamentali dell'Azienda, costituite da una pluralità di: unità operative complesse (UOC); strutture semplici a valenza dipartimentale (SSD) e componenti interne di UOC (SSU); altre forme di aggregazione professionali, configurate in responsabilità di "Programmi inter e intra dipartimentali"; incarichi di "Alta Specializzazione" e "Professionali".
I Dipartimenti aziendali sono: