I Dipartimenti sono le strutture complesse fondamentali dell'Azienda, costituite da una pluralità di: unità operative complesse (UOC); strutture semplici a valenza dipartimentale (SSD) e componenti interne di UOC (SSU); altre forme di aggregazione professionali, configurate in responsabilità di "Programmi inter e intra dipartimentali"; incarichi di "Alta Specializzazione" e "Professionali".
I Dipartimenti aziendali sono:
Amministrativo e Tecnico
Chirurgico
Cure Primarie
Emergenza-urgenza e Accettazione (DEA)
Medico Oncologico
Salute Mentale e Dipendenze Patologiche
Sanità Pubblica