Sono organi dell'Azienda: il Direttore Generale; il Collegio di Direzione; il Collegio Sindacale.
Il Direttore Generale è nominato dalla Regione ed è l'organo di governo, al quale spetta la responsabilità complessiva della gestione e la rappresentanza legale dell'Azienda. Egli assicura il perseguimento della mission aziendale ed è responsabile della realizzazione dei programmi e dei progetti strategici, in coerenza con le indicazioni e gli obiettivi stabiliti dai diversi livelli istituzionali. Per l'esercizio delle sue funzioni, si avvale del Direttore Sanitario e del Direttore Amministrativo, ponendo in esecuzione i principi di collegialità e corresponsabilità.
Il Collegio di Direzione, presieduto dal Direttore Sanitario, resta in carica tre anni, ed è composto dai Direttori Sanitario; di Distretto; delle Direzioni Tecniche aziendali; di Dipartimento; della UOC Amministrazione del Presidio e dei Servizi territoriali; dai Responsabili Infermieristici/Tecnici dei Dipartimenti sanitari; dai rappresentanti dei Medici di Medicina Generale, dei Pediatri di Libera Scelta e degli Specialisti. Il Collegio di direzione ha funzioni di elaborazione, proposta, anziché consultive, in merito a soluzioni organizzative e di sviluppo dei servizi, formazione, ricerca e innovazione.
Il Collegio Sindacale è composto da tre membri. Resta in carica tre anni ed ha funzioni la vigilanza e il controllo sulla regolarità amministrativa e contabile, così come previsto e disciplinato dalla normativa vigente.
Il Direttore Sanitario concorre alla direzione strategica dell'Azienda coadiuvando il direttore generale per il raggiungimento degli obiettivi di salute e miglior combinazione di efficacia, efficienza e qualità dei servizi.
Il Direttore Amministrativo concorre alla direzione strategica dell'Azienda, coadiuvando il direttore generale in particolare per il governo del sistema economico-finanziario e la garanzia di legittimità e regolarità di procedure e atti di competenza della Direzione Generale.
Il Direttore di Distretto svolge funzioni di committenza, ossia di programmazione del bisogno riferito all'offerta complessiva - assistenza residenziale, domiciliare, ambulatoriale e ospedaliera - traendo esplicito mandato dalle istanze delle comunità locali.