La configurazione di base dell'AUSL di Imola è la struttura a matrice: le line di produzione finale, ovvero digestione delle attività tipiche, sono organizzate in dipartimenti; i processi/prodotti trasversali sono in capo alle Direzioni Tecniche Aziendali, che altresì coordinano i meccanismi d'integrazione.
Le Direzioni Tecniche Aziendali dell'Ausl di Imola sono: